“南海I号”的文化遗产属性是多样的，既有有形文化的内容，也有无形文化的内涵。这也决定了其作为特殊文化遗产的效用涵盖很多方面，有文化的、有经济的、也有社会的；有精神层面的，也有物质层面的。因此“南海I号”的保护工作具有相当的复杂性。保护的首要问题是要为“南海I号”提供安全的保存环境。
一艘在海水中浸泡了800多年的沉船，一旦周围环境发生变化，其船体本身和内部物品的属性也会随之变化。因此，当沉船拉移进入水晶宫后，要对水环境变化进行动态监控，调节水体中的理化和生物组分，使这一环境能够更有利于“南海I号”的永久保存。
“南海I号”是一个有机的物质整体，保护科学不仅涉及保存环境的调控，也涉及有机质（包括木质、植物和动物残骸等）文物、金属质（包括金、银、铜、铁、锡）文物、陶瓷类文物和石质文物等的保护，甚至对其所蕴涵的非物质文化因素的科学采集和妥善保护，也是今后“南海I号”保护过程中需要足够重视的内容。
“南海I号”水下考古不应仅仅被视为水下考古或海洋打捞领域的一次作业，其更深层的意义在于，开创了多学科合作进行水下文化遗产保护的新局面。从《“南海I号”整体打捞及保护方案》的制订、论证到最终实施的四年中，来自水下考古、文物保护、岩土力学、海洋打捞、水下工程、海洋环境和水文气象等学科的专家始终密切合作，共同解决面临的各项技术难题。在文物保护方面，采用沉箱法打捞古代沉船，将沉船文物及其周围泥沙按原状固定并整体迁移到更优越的环境中进行保护和研究，这是世界其他国家未曾尝试过的水下文化遗产保护的新方法。
我国是一个文化遗产大国，目前已形成一套有自身特色的文化遗产保护理念，水下文化遗产的保护也不例外。1987年，“南海I号”的发现开启了中国水下考古的兴起之路。1989年《水下文物保护管理条例》颁布，使我国水下文化遗产的保护事业具备了理论的法理依据和实际的法律保护。然而，与一些发达国家相比，我国在水下文化遗产保护的理论和方法上仍存在不完整、少创见等不足。“南海I号”水下考古思路的提出和实施，正是在水下文化遗产保护方法上寻求突破的有益尝试。
当前，我国正在积极申请成为《保护水下文化遗产公约》缔约国。《公约》的精神和保护人类共同水下文化遗产的基本出发点，都与我国开展水下文物保护的基本策略相吻合。
作者：魏峻
编辑：沈湫莎
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